芒康縣屬高原溫帶半濕潤季風(fēng)氣候區(qū)，躊越寒、溫和亞熱三種帶，夏季氣候溫和濕潤，冬季氣候寒冷干燥，晝夜溫差大。氣候特點：日照充足，太陽輻射較強烈。

　　平均氣溫較低，南熱北冷，旱季、雨季分明，降水量較少，全年平均日照時數(shù)為2534.5小時，日平均氣溫16.1度，縣城嘎托鎮(zhèn)（海拔 3780米）多年降水量僅為557.7mm ，每年5月—10月為雨季，11月—4月為枯季。其徑流來源，枯季主要為融雪和地下水補給，雨季主要由降雨補給。6—9月份降雨量約占全年降雨量的80％以上，最枯流量一般出現(xiàn)在1—2月份。多年平均水面蒸發(fā)量1621,4mm（20cm蒸發(fā)器測定）,年平均氣溫為3.2℃，無霜期90天左右,降雪期為56.6天，年平均相對濕度為60.4％。最大凍土濃度為51cm，覆雪約5mm，最大覆冰約8mm 。