水城歷史悠久。秦始皇二十六年(公元前221年)建漢陽(yáng)縣，今水城縣境，屬漢陽(yáng)縣所轄。明屬水西宣慰司轄地，水西分中水、下水、底水三部，底水即今縣境地。清康熙時(shí)屬大定府。清雍正十年(1732)，在底水之下鐘山西麓建土城。壞城皆水，故名水城，全城如荷葉浮水面，又稱(chēng)荷城。雍正十一年(1732)，為開(kāi)采、轉(zhuǎn)運(yùn)黑鉛，建水城廳，設(shè)通判。民國(guó)2年9月12日，水城廳改為水城縣，設(shè)縣公署。
　　1949年12月18日，水城縣和平解放，隸屬畢節(jié)專(zhuān)區(qū)。1970年12月，水城縣與水城特區(qū)合并為水城特區(qū)，駐地黃土坡，行使縣級(jí)職權(quán)，隸屬六盤(pán)水地區(qū)。1978年12月，隸屬六盤(pán)水市。1987年12月，國(guó)務(wù)院決定撤銷(xiāo)水城特區(qū)，分設(shè)水城縣和六盤(pán)水市鐘山區(qū)，1988年3月9日，水城縣正式分設(shè)，駐黃土坡。2003年10月，縣城駐地由黃土坡搬遷濫壩鎮(zhèn)雙水，即今雙水新區(qū)，位于六盤(pán)水市市區(qū)東部。