居巢區(qū)歷史悠久，有文字記載的有三千多年。商是時地屬南疆，故稱南巢。周時為巢(伯)國地，春秋時為楚屬國。秦統(tǒng)一后置郡縣，今巢湖以南為居巢縣。唐武德七年(公元624年)，合開城、扶陽兩縣為巢縣(巢縣一名此始)，隸屬廬州。北宋太平興國三年（公元978年）巢縣屬無為軍。南宋景定三年(公元1262年)升巢縣為鎮(zhèn)巢軍，至元二十八年(公元1291年)置巢州為縣，巢縣縣名至改置巢湖市前一直未變。民國元年屬安徽省。民國28年由屬第三專區(qū)改第五專區(qū)。1949年4月屬巢湖專區(qū)，1952年屬蕪湖專區(qū)，1958年屬合肥市。1961年4月復(fù)屬蕪湖專區(qū)，1965年復(fù)設(shè)巢湖專區(qū)，巢縣隸屬之。1971年8月巢湖專區(qū)改稱巢湖地區(qū)，巢縣隸屬不變。1984年1月4日撤縣改市成立巢湖市，屬巢湖地區(qū)。1999年7月9日，國務(wù)院正式批準撤銷巢湖地區(qū)，設(shè)立地級巢湖市，撤銷縣級巢湖市，設(shè)立居巢區(qū)。1999年12月6日巢湖市居巢區(qū)舉行揭牌儀式。